Nunca escrevo bom dia, boa tarde em emails. Bom dia é usado ou depois de acordar ou depois de o dia ficar claro (o sol nascer). Nunca vi email escrito tbm desse jeito.
As definições que encontrei no dicionário priberam são quase iguais: Não saberia quando a pessoa irá ler isso, então, não me faz sentido. Qual é a diferença entre as interjeições boa! e bom!?